Desde el inicio de la administración de Cuauhtémoc Blanco en Morelos, la entidad ha reportado faltantes en recursos federales por alrededor de 3,900 millones de pesos, según la Auditoría Superior de la Federación (ASF).
Entre 2019 y 2023, la ASF identificó daños a la Hacienda Pública federal, incluyendo pendientes de aclaración y cargas financieras, por un total de 3,901 millones 463 mil pesos. Durante el primer año de gobierno, las irregularidades se concentraron en apoyos y participaciones a entidades federativas y municipios, además de áreas como salud, obra pública e infraestructura.
En 2020, se sumaron problemas en la gestión de emergencias y desastres naturales, y en 2022 y 2023, la educación también presentó irregularidades. Solo en 2019, la auditoría 2019-A-17000-19-0921-2020 detectó faltantes por 1,851 millones 363 mil 369 pesos en Participaciones Federales a Estados. De los 8,823 millones de pesos transferidos a Morelos, se auditó una muestra de 8,048 millones, revelando un probable daño a la Hacienda Pública por 859,765.1 mil pesos.
En 2021, la auditoría 2021-A-17000-19-1194-2022 encontró que el gobierno de Blanco no aclaró el uso de 302 millones 269 mil pesos transferidos por la Federación. Se determinó que la administración estatal infringió diversas normativas federales y estatales, generando un probable daño por el monto mencionado.
En 2022, la auditoría 2022-A-17000-19-1248-2023 destacó faltantes en Participaciones Federales por 888 millones 018 mil pesos. La muestra auditada fue de 8,612 millones, encontrando un probable daño de 736,946.8 mil pesos y solicitudes de aclaración por 151,071.8 mil pesos.
Entre 2019 y 2022, el probable daño a la Hacienda Pública en los Servicios de Salud superó los 328 millones 252 mil pesos, mientras que en educación tecnológica y de adultos el perjuicio fue de 51 millones 394 mil pesos. Las observaciones comunes incluían la transferencia de recursos federales a cuentas bancarias no identificadas, dejando el destino de diversos montos desconocido.